Bueno aclarando tus dudas (y las proximas):
Puedes probar con el
HP USB Disk Storage Format Tool (enlace probado) es bastante mas fiable que el formateo del Windows.
A la hora de formatear quedaria asi:
Con esto creo que quedara resuelta tu primera duda (si es necesario crear una nueva particion en formato FAT).
Luego solo tendriamos que entrar en la carpeta Win32 del SysLinux (X:\syslinux\win32) y luego escribir
syslinux.exe -f X: (donde X: la unidad pendrive).
Sobre la ultima parte de tu duda yo no tuve que editar nada,solo pasar la ISO descomprimida pendrive y luego cambie en la BIOS el orden de arranque.
Espero que con esto soluciones tus dudas...
Salu2.